遺伝子解析の基礎

DNAシークエンシングは遺伝子を扱う際、避けては通れませんね

DNAの塩基配列解読はサンガー、ギルバート等により1970年代に確立されて、異なった蛍光色素を用いることでATGCを標識することでキャピラリー電気泳動によって塩基を1つずつ決定することができるようになった。今でもこの方法は遺伝子の塩基配列を決定するためにめちゃくちゃ使われてます。大学時代はABI310使って、調子よければ600bp読めるレベルでした。これを使って、1990年代にヒトゲノム計画がされるようになったわけですよ。30憶ドルという巨額をかけて、10数年越しで人のゲノム(遺伝子の塩基配列)を決定してすごーいってなって数年後、、、

pyroシークエンスなる次世代シークエンサーが出ます。ここら辺から原理が理解できません。

その後illuminaがSeqシリーズを出し、数100Mbを30万程度で読めるようになった気がします。その後Hi-seqとかいろいろ出して1日で10Gbくらいになったのかな

illuminaも買収とかしてバイオ関連ではとんでもなく大きな会社になりました。ABIはThermoグループに入ったり技術革新とともに会社もいろいろ変わったと実感します。

2015年以降さらに次世代シークエンサーは原理も変わりながら多様なシークエンサーが出てきます。イオンを使ったりしたやつですね

ここでOxford nanopore社がぶっちぎりに次世代シークエンサーを安価に提供してきます。

本体価格1000ドル。それまでは機械は6000万、解析料が20万程度でしたが、Oxford nanoporeのMinION(ミナイオン)はそのサイズが手のひらサイズでPCにつないでオンサイトで解析できるようになりました。

更に日本ジェネティクスが4月からGenap Sysという次世代シークエンサーをおよそ200万円で取り扱うようになり、今後100ドルで次世代シークエンサーをとなるみたいで、飛躍的に遺伝子分野は進展しています

1977年にサンガー法ができDNAシークエンシングはまだ半世紀もたたぬうちに数時間で4Gb以上の情報をDNAから抜き取れるようになったこの技術革新のすごさに驚いとりますということでDNAシークエンシングの歴史をすごーく簡単に説明

これらの開発者の発想力、いい意味でぶっ飛んでます。